据医院官网2015年12月信息显示，医院设置165个临床、医技科室，233个护理单元，拥有8个国家重点学科、1个国家重点实验室、20个省部级及全军重点实验室、33个全军医学专科中心和研究所，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。同时是全军重症监护示范基地和中华护理学会的培训基地。设有国际医学中心和健康医学中心，提供高端预防保健服务。医院年门急诊量490余万人，收容19.8万人，手术近9万例。
为节约患者在北京医院挂号排队等候的时间，特开通北京医院代挂号服务，预约北京三甲医院的专家和以下医院挂号：北京301医院代挂号，北京大学医院代挂号，北京儿童医院代挂号，北京协和医院代挂号，北京同仁医院代挂号，北京宣武医院代挂号，北京肿瘤医院代挂号，北大口腔医院代挂号，北京妇产医院代挂号
2019年7月由科技部、国家卫生健康委、军委后勤保障部和原食品药品监管总局正式批准依托解放军总医院第五医学中心成立国家感染性疾病临床医学研究中心。研究中心整合国内79家协作医院，针对慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相关疾病等病种，建立病程涵盖临床各个阶段的大队列，同时建立标准化的生物样本库、临床诊疗信息库及的疾病发病追踪系统，形成涵盖重大感染性疾病及各个病程的资源平台，终建立我国规范的病毒性肝炎、艾滋病临床大数据及生物样本库整合平台，形成专业的管理团队，为建立符合我国人群特点的肝病、艾滋病诊疗体系提供重要战略性资源。
先后牵头并主持承担了国家重大课题330多项。获国家发明专利50余项。获得新药证书7项、诊断试剂生产批件13项、军队制剂批件43项。发表病毒性肝炎相关SCI论文800篇（IF≥10论文24篇）。依靠协同创新网络推广普及病毒性肝炎相关知识。一方面紧密瞄准解决临床问题“接地气”的宏伟目标，组织开展国际化、高质量的多中心临床研究，取得具有重大临床指导意义的创新性成果，另一方面创新国际交流与合作模式，与世界大学、研究院所、医疗机构和跨国企业等建立战略合作伙伴关系，获得具有“高大上”特性的科研成果，提高学术水平和地位。