医院拥有5位中国工程院院士，1百多名技术三级以上专家，1千多名高职专业技术人员。医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖20项，国家发明奖2项，军队科技进步一等奖21项。 [2]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，中国人民解放军总医院名列第三。
为节约患者在北京医院挂号排队等候的时间，特开通北京医院代挂号服务，预约北京三甲医院的专家和以下医院挂号：北京301医院代挂号，北京大学医院代挂号，北京儿童医院代挂号，北京协和医院代挂号，北京同仁医院代挂号，北京宣武医院代挂号，北京肿瘤医院代挂号，北大口腔医院代挂号，北京妇产医院代挂号
在中心主任陈香美院士的领导下，建立了临床研究、项目支持、公共服务和交流推广等平台，建成具有国际规模的肾脏疾病临床信息数据库和生物样本资源库，联合全国500余家单位构建肾脏疾病临床协同研究网络，覆盖全国90%的地级市。针对我国主要疾病负担的IgA肾病、糖尿病肾病、老年肾脏病等常见慢性肾脏病以及急性肾损伤和尿毒症患者血液净化，从疾病危险因素、预警、诊断、和医疗质量改进多个层面，建立多中心、大样本、长期稳定随访的研究队列，组织开展大规模、多中心、高质量的临床诊疗研究，已成为临床新技术、药品器械研发与评价的创新基地，带动我国慢性肾病防治整体水平的提升。
2019年在科技部组织的首次绩效评估中，国家慢性肾病临床医学研究中心成绩为“”。
国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心，依托中国人民解放军总医院，于2019年5月由科技部、国家卫生健康委、军委后勤保障部和国家药监局正式批准成立，也是认定的国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心，中心主任为杨仕明教授。