医院拥有5位中国工程院院士，1百多名技术三级以上专家，1千多名高职专业技术人员。医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖20项，国家发明奖2项，军队科技进步一等奖21项。 [2]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，中国人民解放军总医院名列第三。
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先后牵头并主持承担了国家重大课题330多项。获国家发明专利50余项。获得新药证书7项、诊断试剂生产批件13项、军队制剂批件43项。发表病毒性肝炎相关SCI论文800篇（IF≥10论文24篇）。依靠协同创新网络推广普及病毒性肝炎相关知识。一方面紧密瞄准解决临床问题“接地气”的宏伟目标，组织开展国际化、高质量的多中心临床研究，取得具有重大临床指导意义的创新性成果，另一方面创新国际交流与合作模式，与世界大学、研究院所、医疗机构和跨国企业等建立战略合作伙伴关系，获得具有“高大上”特性的科研成果，提高学术水平和地位。