北京儿童医院儿童保健中心设有新生儿行为测查、婴幼儿抚触、小儿生长发育及精神发育测评、儿童营养评价，听力筛查、视力筛查、超声骨密度检查、超声骨龄检查、智力筛查、智力测评、0-1岁52项神经运动检查、气质测评、铅损伤筛查、血铅测查、微量元素测评、血常规测查、25羟维生素D检测、注意力测评与训练、孤独症测评、人体成分测查、早期发育训练、语言测评、语言障碍训练、保健咨询以及健康教育，儿童免疫规划等多项与保健相关的服务，同时也可接纳幼儿园、中小学生集体儿童的健康体检工作。其中，小儿生长发育与营养、精神发育测评与早期干预是中心的工作重点及亮点。
北京儿童医院技术力量雄厚。拥有重点学科儿科学，国家儿童肿瘤监测中心、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心、国家中西医协同旗舰医院试点单位等12个平台，8个国家临床重点专科，5个北京市重点实验室，2个北京市级研究平台以及16个市级医疗中心。医院设有疑难罕见病例会诊中心和远程会诊中心，儿科疑难重症疾病的诊断水平居国内地位，是中华医学会儿科学分会、儿外科分会，中国医师协会小儿外科医师分会，中华护理学会儿科专业委员会主任委员单位。
北京儿童医院拥有教育部儿科学国家重点学科和教学团队，是首都医科大学儿科医学院和儿科学系所在地，现有教授、副教授116人，承担着本科及博士、硕士研究生、七年制儿科专业，护理大专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，每年为社会输送大量儿科人才。
北京儿童医院以病人为中心，全心全意为儿童服务，大力弘扬“公慈勤和”院训精神，涌现出全国道德模范、全国共产党员贾立群同志等杰出代表。医院坚持公益，始终“关注儿童、关注健康”，成立“北京儿童健康基金会”，扶助困难家庭患儿就医;组织医疗骨干参加援疆援藏任务、“人才京郊行”、大型义诊活动，为偏远地区和基层单位的儿童送医、送药、送健康;开展免费救治西藏先心病、唇腭裂患儿活动，举办血友病、糖尿病、白血病儿童夏令营，让患儿感受到社会的温暖。