对多种抗惊厥进行了药代动力学、血药浓度与剂量相关性研究，将研究结果用于指导临床，取得很好效果，并将小儿癫痫合理用药的经验以多种方式在国内省内交流推广，获得同行的好评。《小儿癫痫血药浓度监测及其临床应用》的科研成果获2000年省教委科技进步二等奖和2001年省科委科技进步二等奖。
医院学科设置齐全，设有6个专科病院， 60个临床医技科室、以及多个科研实验机构、编辑部等其他业务部门。是国家疑难病症诊治能力提升工程项目资助单位、国家区域医疗中心建设及能力输出单位（呼吸与危重症医学科）；国家中西医协同“旗舰”医院试点项目建设单位；有生物诊断国家地方联合工程研究中心、全国医疗机构医学人工智能研究院、全国大数据算法与分析技术国家工程实验室；泌尿外科、皮肤科系国家重点学科；骨外科、消化内科、临床专科护理、地方病科(地方性骨病、心肌病、碘相关及甲状腺疾病)、麻醉科、皮肤科、呼吸内科、耳鼻咽喉头颈外科、急诊科、中医科等10个学科为国家临床重点专科；小儿外科、肿瘤病院、心血管病院、神经病院4个国家重大疾病多学科合作诊疗能力建设项目；陕西省生物与转化医学工程研究中心、陕西省胃肠动力疾病研究重点实验室2个省级工程中心和重点实验室；皮肤科、消化内科、医用超声研究室、小儿外科、急诊科、手术室、康复医学科、泌尿外科、供应科等9个省级医疗质控中心。
医院与省内外百余家基层医院建立托管、医联体和协作关系，充分发挥国家队的指导作用。被确定为国家区域医疗中心项目建设输出西安交通大学第二附属医院洛阳医院、西安交通大学第二附属医院新疆医院、西安交通大学第二附属医院杨凌示范区医院。医院坚持履行国家公立医院的社会责任，数十年如一日下乡巡回医疗、医疗扶贫、援助基层，对口支援西藏阿里地区、新疆等地区，进行医疗帮扶，多年承担苏丹、马拉维等非洲国家的医疗援助工作。在重大自然灾害、紧急抢险及疫情防控等公共卫生事件中充分发挥医疗应急救援职责、派出医护专家指导、救治在线，受到各级政府的高度肯定。
严格规范的管理体系，大医精诚、尊师重教的文化传承，使得医院多次受到国家和上级表彰。曾两次获卫生部等部委联合授予的“全国医药卫生系统先进集体”;中央文明委授予的“全国文明单位"及全国总工会“抗震救灾重建家园工人先锋号”称号，连续获得“陕西省三八红旗手(集体)”及“优质护理示范工程先进医院” “陕西省抗疫先进集体”等称号。医院多名医护人员先后获得国际南丁格尔奖、国家五一劳动奖、全国卫生系统先进个人、中国医师奖、全国先进教师、全国抗疫先进个人、中国五四青年奖章、全国及陕西省白求恩精神奖、全国护士、陕西省护士，陕西省共产党员、陕西省抗疫先进个人、陕西省五四青年奖章、三秦美医务工作者等荣誉。